Re: GEM System  Настя  19.03.2009 14:56
"Genome-based Modeling (GEM)System, automatically generates a cell-wide metabolic pathway simulation model suitable as a draft model to build upon for computer-based studies."<c>
Re: GEM System  Настя  19.03.2009 15:51
"web site (http://www.g-language.org/gem/) makes publicly available all genomescale models with enzyme or metabolite lists with reactions, gene lists with matched product and BLAST e-values, stoichiometric matrices for static simulation and metabolic flux analysis, interactive pathway maps generated with a Java applet for visualizing protein-protein interactions, and a tool to view the extracted enzymes mapped on the KEGG pathway database by using KEGG
API."
отчет  Настя  19.03.2009 15:56
Японцы написали софт, который качает геном из и-нета, его расшифровывает, используя разные базы данных, строит матрицу и ее рассчитывает.. С помощью этого софта они посчитали 90 матриц и выложили их у себя на сайте. Проблема в том, что родобактера среди них нету. И софта, как не сложно догадаться, тоже.. Видимо, надо им написать и попросить посчитать и для нас матрицу %)) шутка: они считают только полные н геномы и именно в этом фишка метода, а нам как раз полный геном не нужен (пока )
Re: GEM System  Настя  19.03.2009 16:00
они тоже работают с KEGG в принципе, на их сайт стоит посмотреть: http://www.g-language.org/gem