Re: SEED  Настя  16.03.2009 16:00
по крайней мере, здесь точно есть родобактер
Re: SEED  Настя  17.03.2009 18:40
В принципе, SEED разработан для "правильного" аннотирования генов.
В 2007 группа DeJongh et al разработала дополнительные методы для построения на основе SEED GSM.
Они строят т.н. сценарии - замкнутые подсистемы с заданными input и output - это как раз то, что нам нужно, но автоматизированного построения системы реакций я там пока не нашла буду дальше разбираться..
Re: SEED  Настя  17.03.2009 18:41
wwwtheseed.org все реакции из KEGG
Re: SEED  Настя  18.03.2009 19:20
приколисты они все-таки.. Написали "pathway tool", который соединяет сценарии в систему и с помощью которого теоретически можно построить GSM, пообещали интегрировать его в SEED и не сделали.. Получилась такая реклама того, чего нету
отчет  Настя  18.03.2009 19:26
Таким образом:
seed-viewer дает возможность видеть отдельные подсистемы и сценарии как для исследуемого организма, так и для всех сразу, дает связку с соответствующими генами и соответствующими реакциями из KEGG, показывает красивые сети Петри вариантов перехода от одного метаболита и другому, но автоматики расчета сети или скачивания реакций нету..
т.о. можно будет его использовать потом для проверки реакций, ну или если будем все вручную делать %)