В этот вторник мы с Павлом Сергеевичем разговаривали с Марком Гомельским по скайпу. Вот мое резюме беседы:

1. Выяснились новые детали учета биомассы. Ее, как сказал Марк, учитывать нужно. Основанием для этого служит тот экспериментальный факт, что клетка потребляет углеродные сосединения, но не выделяе С02, следовательно не расти она просто не может:). Учитывать нужно в том смысле, что необходимо добавлять мет. пути отвода углерода, т.е расширять систему реакций. Но учет биомассы не ведет к двухуровнему программированию, т.к приоритетом остаеся по-прежнему водород. Т.е целевую функцию можно оставить одну.

2. Про доноров акцепторов. Основным донором считать NADH и NADPH. Остальных можно игнорировать (если это получится). Остался неясным вопрос, как NADH влияет на циклический фотосинтез (т.е сами рекциии не очень ясны), экспериментальный факт - когда много NADH фотосинтез блокируется.

3. Систему можно изначально упростить, т.е брать за исходную генетических мутантов с выключенным синтезом полигидроксибутирата и без H гидрогеназы.

4. Марк задал вопрос, помогут ил нашим исследованиям экпериментально померенные феличины концентраций NADH и NADPH? Я сказала. что концетрации в нашу модельне входят, но возможно это может нам оценить величины каких-то потоков. Думаю, вопрос еще открыт:)

5. Договорились, что встречи будут регулярными, примерно через месяц. Следующая состоится 21 апреля.