Общие мыли. Насколько я поняла...

1. Программки, которые генерят реакции с геномов делают это со всего генома, т.е на выходе Все реакции. А если даже это не так, то чтобы сгенерить нужные нам рекции нужно знать локализацию на хромосоме ферментов, которые их катализируют. А этой информацией мы не обладаем.

2. Что делает программы такого толка? Они производят файлы опреденного формата (или нескольких). На примере PathwayTools - такие файлы есть для каждого объекта (метаболита, реакции или цепи реакций и т.д.). Есть проги, которые работают с этими файлами (эти проги вполне определенные для каждой базы данных!), они могут осуществлять визуализацию. анализ на массу и т.д, строить матрицу..В общем так как весь геном нам не нужен, то нужно смотреть работают ли нужные нам программы с частью реакций, т.е с отдельными файлами.

3. Например, MetaCyc.org произведен с помощью PathWayTools, источник генома GeenBank (кажись). Тут уже все есть, т.е этот сайт пример того, что мы получим на первом этапе (search -> advanced, там уже можно выбрать организм и т.д). Минус в графическом способе отображения. Здесь можно скачивать файлы разных форматов для отдельных метаболитов, путей, отдельных подсистем. И есть проги (в том числе часть самого PathwayTools), которые умею с этими файлами что-то делать (я разбираюсь пока). В принципе, можно разобраться с форматом файлов и самим написать прогу, которая парсит эти файлы (это так называется:)) и выдает нам реакции. Тогда останется только скачивать файлы к реакциям, а не выписывать их вручную. Что окажется проще, пока не заню. О деталях не говорю:), нужно еще поразбираться.

Что ты думаешь по этому поводу?